1999年12月，中国科大与解放军总装备部政治部共同签署《关于培养军队干部协议书》，奠定了双方全面合作的基础。

总装部队高新科技含量丰富，技术创新难度大，所属部队地域分布较广。要求国防生不仅要有优良的科技素质，而且要有较高的政治素质和较强的意志品质。因此，在国防生的招生、培养、训练和管理过程中，始终着眼于质量第一，坚持国防生“录取不降分、培养不区分、特殊不特别、管理不隔离”的工作思路，在学业要求上与普通在校生完全一致，努力做到“选之能培，培之能用，用之成才”。同时加强与学校各级组织的联系与沟通，落实全面跟踪、全员考核、全程淘汰的要求，以确保国防生的选拔和培养质量。

至今，中国科大累计签约406名国防生，其中直接招生317名、在校选拔89名。已经毕业到总装部队工作的150名，现有在校国防生229名。国防生招生工作事关军队建设、群众切身利益，社会影响大，涉及范围广，质量要求高。在“依托一流大学，选拔一流人才”的总要求下，努力保证招生质量，把好国防生“入口关”。2004年、2005年和2006年，分别有87%、69%和75%的毕业国防生取得了推荐免试研究生资格，主动到中西部地区部队工作的国防生占毕业国防生的70%。

学校充分依靠高校各级组织，及时了解掌握学生的思想、心理、学习和健康等现实状况，并适时提供帮助：一是“化整为零”，将教育内容印制成学习材料下发给每位国防生，明确具体的学习计划，让学生自学；办公室还通过系书记、班主任和国防生骨干了解学生的学习情况，掌握国防生队伍的整体动态。二是“散中求聚”，办公室及时在后备军官主页和校域网BBS“后备军官”板块上转载、发布学习材料；开办网络课堂，国防生可随时上网浏览、学习。三是“集中学习”，利用每月的国防生例会，针对时政教育，组织学生进行集体学习和讨论，引导学生树立正确认识。四是“走出去、请进来”，组织学生到附近总装部队、总参军校以及军工研究所参观、学习，邀请总装科技干部做专题讲座。